事则仍一统于大将军府。
过去这几年的时间里，大将军府军事上的创建，除了建立起以四军为中央军雏形、边防各划军区、军府作为兵役补充的军队阶梯构架之外，另外最重要的一项，便是对以荆州为代表的强藩边镇的调整。
荆州方面最核心便是对整个荆州的拆解，庾怿仍领荆州刺史，但只坐镇江陵，纪睦入为南蛮校尉，原竟陵太守李阳加益州刺史，襄阳太守桓宣加梁州刺史，另有荆州勇将陈郡邓遐升为湘州刺史。
将原本整合为一的荆州军权拆分成几个部分，其中南蛮校尉与益州刺史两部，主要负责对巴蜀成汉的攻略。而梁州刺史部则仍归镇襄阳，同时南阳也归入襄阳辖制，由此布置西进武关，谋攻上洛，以配合对关中形成整体围困之势。
洛阳行台对于荆州军政事务并没有侵入太多，但通过分化拆解，使得整个荆州不再成为一个整体，同时将荆州军中非常重要的桓宣所部北调置于河洛南面，这也是正式将荆州军纳入行台王师体系的重要举措。
另外在军事上，行台还有一桩举措改变，那就是凡军用在即，督将、镇将必加参谋军务临时前缀。参军乃是大将军府下职事，换言之凡兵事有动，这些前线将帅们俱以府职而受大将军号令。如