《巨龙觉醒》的剧情依旧是从毒株的母树开始。之前的剧情是以杀死寄生在母株上用自己的血肉滋养母株的变异魔蛛而结束。玩家从熔岩树窟里出来，回到地面就可以进入城镇进行副本和地图玩法了。因为这颗母株失去了生长的条件，这给卡瓦特拉大陆带来短暂的平静。但很快，人们发现了新的问题。很多的动物无端的死去，没有伤口也没有中毒，只是像是突然被抽走了生机停止了呼吸。
人们一开始以为是一种动物才会感染的瘟疫。但母株带来的恐惧依旧没消失，便有一群勇者背上行囊，重新进了熔岩树窟，想要用办法彻底毁掉母株的根基。可是这群人却一去不复返。玩家这次进入新手村，就听到村长说起了这件事。并且希望他们可以去寻找那些勇者的踪迹。
从第一章 的第一个任务开始。玩家就是在位进入熔岩树窟做准备。从新手村到几个主城，再到恶灵山岗。在第三章的时候他们就进入了之前剧情的终章BOSS房。但这一次他们在熔岩树窟里遇到的不是BOSS，而是一颗蛋。
在《黑暗宇宙》的故事背景里。龙是有正义与邪恶之分的。他们不受神族的控制，是所有兽类的主宰。得到龙的庇佑，甚至可以得到不死的灵魂。《巨龙觉醒》沿用了这个设定。这枚