多女性莫名其妙就被指控为“女巫”，然后被酷刑折磨，甚至处死。
等到了近世以降，欧洲大陆开始了科学启蒙运动，结果遭到异端裁判所的疯狂镇压。
其中最著名的案例首推乔尔丹诺?布鲁诺，这位意大利科学家支持哥白尼的日心学说，反对教会认为地球是宇宙的中心，结果被异端裁判所裁定为“异端”，活活烧死在罗马鲜花广场。
然而，科学的进步是无法阻碍的，如今人们的世界观是什么样就不用多说了，现代宇宙学早就已经建立，人们已经知道真实的宇宙并不是任何宗教典籍所描述的那样。
1992年，罗马教皇宣布为布鲁诺平反，宗教正式向科学妥协了。
由于异端裁判所血债累累，在历史上留下太多恶名，教廷早在二十世纪初就进行改组，异端裁判所自此被分作理论和武装两个部分。
专门从事理论性工作的部分，成为信理部，作为教廷的一个组成部分，这是题外话，姑且不谈。
至于那些武装修道士则转入地下活动，仍然以“异端裁判所”为名行事，不过比起从前就谨慎了许多。
真实的历史绝不是非黑即白这么简单，说到这里似乎异端裁判所是犯罪组织，实际情况却是他们虽然干过不少