他拘捕过。也是因为这些经历，王芳旦坚持认为自己的老师还是心向大明的。
“芳旦，这南京国子监，你是不能去！”钱谦益面容严肃地对自己的爱徒说道。
王芳旦心中有火气，但是还是恭敬地问道：“老师，为何？如今太子开国子监延揽贤才，也正是为国家社稷分忧之时，岂不是男子汉大丈夫用武之地？”
钱谦益正襟危坐，表情严肃，他道：“明军攻下南京，重入江南，我也高兴啊。可是太子轻敌冒进，从海上越过福建、江西而至江南，四周都被清军所包围了。满洲定鼎天下之势已成，明军就算能够取得小胜，却不足以积小胜而大胜了。”
说着说着，钱谦益便叹了口气，很多年前清军攻入南京的一幕他还历历在目，他记着那些凶狠的八旗兵，给他的震撼无以复加。他跪在满洲贵族的面前，觉得膝盖像是灌了铅一样沉重，根本立不起来，只能趴在那些蛮人面前簌簌发抖。
自从那时候起，钱谦益打心底里害怕满洲人。哪怕他后来搞了一些与反清复明势力的勾连，实际上更多也是心中反复，想要重拾一些自己的名声。
钱谦益十分确定地对自己的学生道：“一旦清军再打回来，江南都要遭殃的。这个时候前去巴结南明