大明理政院宣布在天山以北的准噶尔盆地成立漠西省，在天山和昆仑山之间的塔里木盆地成立西域省。而原本生活在这两地的卫拉特联盟和叶尔羌汗国，已经全部被费扬古杀绝，大明成了顺理成章接收这些地区的人。
噶尔丹也算是终于明白了大明的意思 ，恐怕杀绝这些地方的人并不是费扬古一个人的意思 ，而是大明这边也有相同的看法，只不过举起刀的人是大明而已。
省级建制后的漠西省，设乌鲁木齐府，大明迁徙了驻屯军团过去，在这些地方进行开垦和放牧，实现了实际管控。
那时候的噶尔丹可以说是万念俱灰了，本来距离他很遥远的这个汉人王朝没有再利用羁縻或者怀柔政策，却使用了真正的直辖。准噶尔部和卫拉特联盟是彻底的就此划上了终结了。
那时候，一名大明陆军的军官对他说：“现在你有两个选择，一是认同自己作为大明国民的身份，享受这个帝国给你带来的一切便利和荣耀；二是作为一个亡国人，一生庸碌且哀叹着，最终化为一片尘土。这是一个最好的时代，如果你认为你真的有本事，那么大明将会为你提供一个舞台，也许你在历史上将会留下自己的名字。”
噶尔丹最后选择了进入国防大学，加入了大明军