旗已经并不是纯粹的一种以民族为划界的组织形式，而是类似有着上下尊卑阶层的种姓制度了。旗丁也就是原本的满洲人加上一些抬旗了的汉军旗、蒙古旗，现在都算作了一处，不再有太多区分。旗丁之下则是奴才们，实际上就是被奴役的各族百姓。
军事上，除了费扬古牢牢掌控的新军系统，八旗本身也产生了自己的军事架构。八旗兵现在分为禁旅八旗和卫军八旗，禁旅八旗是完全由旗丁组成的部队，算是各旗最精锐的力量，不过规模往往很小。每个旗的禁旅仅有一个营左右的规模，三五百人而已。毕竟此时旗丁已经非常少了。而费扬古真正开始培养的则是所谓的卫军八旗，卫军八旗某种程度类似于原来的绿营，不同在于卫军八旗被分配至了各旗下面，受都统的管理和指派。卫军八旗的士兵由非旗丁的包衣们组成，而且这些包衣们往往是比较听话的这群包衣，一般是蒙古人、哈萨克人、其他突厥民族、塔吉克人等等。
卫军八旗现在正在成为各旗主要的军事力量，费扬古平均地将每个旗的卫军编成了一个师，使用的武器多是他的新军军工人员攒出来的稍劣质的武器和沿路抢来的一些武器。不过在编制上，也已经仿照了新军进行了现代化，采用棚排队营标协师七级编制。