进士，授中书舍人，后累迁广西道监察御史、右佥都御史、陕西巡按。
在其担任陕西巡按时，当时陕西旱灾，毕懋康便下令广设粥厂，大放仓廪，流民因此渐复其业，救活了万余人，而毕懋康爷因此，升任山东巡盐御史。
而巡盐御史一职，一直都是都察院外派御史的肥差。
明制，巡盐御史，天下只有四人。
一为两淮、一为两浙、一为长芦、一为河东。
毕懋康所巡便是位于勃海湾的长芦盐场，与地方的都转运盐使司、盐课提举司代表的地方利益不同，毕懋康所任巡盐御史乃是直接代表朝廷巡视地方盐务，其职自是权重。
自古以来，盐业就是暴利，但凡国家机器强大的王朝，都是将盐铁收归国有，打击私盐私铁，以此谋取王朝强大的财富基础。
故而，巡盐御史自然也是肥的冒油，其和吏部的文选司、兵部的库部并列，是谓官员最喜欢的职务所在。
只是，毕懋康归根到底是个学者脾气，为人不喜做官，做官这么多年，当的封疆大吏的职位也不少，但是在士林之间，都很少传出他有贪财之名，而且也不爱对违法分子网开一面，而他对火器奇玩，颇为所好，却是广为友人知道。