成了他与努尔哈赤之间产生了隔阂，让努尔哈赤对其失望，不过他却并没有因此失去太子之位，至于这个隔阂却是因为代善虐待他与前妻生的孩子。
万历四十六年，因为要从界凡迁居萨尔浒，努尔哈赤便亲自前往观察，并且指定各贝勒兴建宅邸。
当他们建好府宅后，代善看到长子岳托住的地方比自己的要好不少，就先后让莽古尔泰和阿敏为自己请命说自己所居之地狭小，意欲霸占岳托的宅地。
最终，作为实力强大的父亲，代善自然得偿所愿，霸占了岳托宅地，而这件事情，最终也被努尔哈赤知道了，虽然努尔哈赤没有发怒于代善，但代善的这一举动，却是让他努尔哈赤大失所望。
可以说，这第二个考验关口，代善也是侥幸过了，暂时保住了他的太子之位，然而，到了第三个考验关口，代善明显就丧失了运气了。
泰昌元年，九月初三日，代善次子硕托，即岳托的同母弟弟，因为无法忍受代善的虐待，而突然失踪，有人说其“叛逃”，投明朝而去。
在还未确定硕托是否真的叛逃时，代善即一口咬定硕托有叛逃之心；在找到硕托，并且其本人明确表示并没有叛逃后，代善还是向努尔哈赤跪下五、六次，请求斩杀硕托。