如今，为对付辽东建虏，登莱水师要尽快重建。因此，调他郑芝龙去加速重建，消灭建虏的水师，就是大功一件。而福建这边，也可以给他郑芝龙三年时间的缓冲。之后，就要逐步纳入朝廷水师的正规编制，而不再只是他郑芝龙的水师！
同时，崇祯皇帝也明确表示，他已经给了足够的耐心，希望郑芝龙不要执迷不悟。除非他是想造反，否则就不要错过这次机会。封他为登莱水师总兵官，立刻领水师北上，听从保定总督调遣，重建登莱水师，在对虏战事中发挥他该有的作用！
在密旨的最后，崇祯皇帝还表示很欣赏他儿子郑森，让郑森北上京师国子监就读，并为太子伴读。
郑芝龙看完这道圣旨，还是没有察觉自己已经汗如雨下。他明白，这道密旨其实是崇祯皇帝最后的通牒，要么服从调遣，要么就造反，只有这么两条路可选。
虽然是最后通牒，可从这份密旨中，他也感觉到了皇帝对他的苦口婆心，希望他能做出正确地选择。去挣一个封妻荫子，封侯赐爵；要不然的话，就只有刀兵相见。
与此同时，郑芝龙也很吃惊。因为崇祯皇帝在这份密旨中，直白地说了他的雄心壮志：海的尽头，也得有大明水师的旗帜！这样的愿望，是以前的皇帝