逃到了塔山，随后追随毛文龙打建虏。在之后几年，他爹尚学礼和他哥尚可进都在和建虏的战斗中殉国。
在毛文龙死后，东江内乱，他站队黄龙。但是，旅顺一战，黄龙兵败殉国，尚可喜的妻妾及家眷侍婢数百口也全部投水而死。不过当他闻知黄龙对头沈世魁接任东江总兵后，他就主动联系满清，并逮捕副将俞亮泰、仇震泰，然后掠广鹿、大小长山、石城、海洋五岛军民万余人，携麾下诸将、辖下五岛军资器械，最终投降了满清。
在原本的历史上，从此以后，他是死心塌地的为满清效力。甚至可以说，如果不是他那么死心塌地的为满清效力，李定国也不可能壮志未酬身先死，南明也不可能那么快灭亡，吴三桂可能就造反成功了。就他尚可喜，是至死不悔为满清效力！
他在大明的时候，就一直是水师统领，熟悉海战。因此，蝴蝶效应的变化，皇太极因为晋商的毁灭，让他不得不把目光转向大海时，尚可喜也顺理成章地被他调到了金州这边统领满清水师了。
金州大堂内，刚刚散衙，只有尚可喜的几个心腹还留在这里。
只见他的心腹之一，当年前往沈阳替他联络满清的许尔显，抱拳带着笑对尚可喜说道：“恭喜王爷，又能重掌水师了！