，事与愿违，最终他在驰援大凌河之战时，被地方豪强，还有手下兵卒给活活逼反，没有了活路的情况下，最终渡海投降了满清，他原本的敌人。
在原本的历史上，他后来随满清入关，为满清打天下时，有些事情，其实也证明，他和尚可喜是不一样的。
顺治五年六月时，孔有德至武昌候旨换防。其间金声桓、李成栋反清，各地满清军队纷纷向孔有德求救，但孔有德却不发一兵一卒。
顺治七年十一月，孔有德率满清军队破桂林，俘虏南明重臣张同敞、瞿式耜及靖江王朱亨歅等。一开始，他对待他们如座上宾，后因截获瞿式耜暗约焦琏攻城的密檄，才将瞿、张二人处死于桂林风洞山仙鹤岭下，而靖江王朱亨歅则在西门外民房中被缢死。他的这个做法，和吴三桂亲自勒死永历帝根本不一样，就更别说尚可喜了。后来孔有德被李定国所败，最终自杀身亡。
后世有一种说法，说孔有德是明末叛臣之首恶，也只是因为孔有德杀了名人张同敞、瞿式耜，文人的笔杆子，有时候比刀枪更要厉害，就在于此了。
真要论明末汉人对满清的贡献，排在孔有德之前的，至少有范文程、洪承畴等人，他们的一条计谋，就顶几个孔有德了；另外，要论对满清的