多谋，素为江阴百姓所仰服。于是他携了六百祝塘勇士，自砂山入城，主持城守。
入城后，阎应元立即把全城的户口分别丁壮老幼编列成册，挑选年轻力壮的男子组成民兵。又对城中过往行人严加盘诘，肃清内奸。在阎应元的领导下，人尽其才，物尽其用，分派得井井有条，立时把江阴城变作了一个守卫严密的堡垒。
常州知府宗灏闻讯，派兵丁三百人赶来镇压，被轻易歼灭于秦望山下，继而前明降将刘良佐的五万兵赶至，大围江阴，再三劝降不成，终于开始攻城。
撮迩之地，弹丸小城，刘良佐满拟可以一鼓而破，谁知自此日开始，打足四十余天，在江阴城下碰得头破血流！攻城的兵卒，伤亡过万，江阴城兀自岿然不动，而守城的，却尽是微末之吏——守东门的，是武举人王公略，守南门的，是把总汪向阳，守西门的，是现任典史陈明遇，攻防最烈的北门，则由阎应元亲守，每次巡城，必由一杨姓家将持大刀跟随，见者无不生畏，以为是云长再世，周仓重生。
这一下，清廷耸动，多铎大怒之下，先后派了恭顺王孔有德、贝勒博洛、贝勒尼堪等，统率大兵增援，一时之间，小小的江阴城下，二十万“大清兵”云集，而在城中抵抗的，不过是数万百姓而