官文没有想到的是，他的奏折，不但让曾国藩警惕起来：必须未雨绸缪了；同时，也给了曾国藩对应的灵感。
不久之后，曾国藩奏请设立“长江水师”。表面上，他好像在附和官文的建议，内里却刚好相反：官文是想另行组建一支水师来取代湘军水师，曾国藩却声称“利器不宜浪抛，劲旅不宜裁撤”，新组建的长江水师，应以湘军水师为班底。
其实就是湘军水师换块牌子罢了。
新组建的“长江水师”，是朝廷的“经制”部队，就是，打完了仗，也不必裁撤的。
这样，战争结束后，湘军水师的“有功员弁”就有地方安置了。
为了保证这个目的之达成，曾国藩、彭玉麟拟的长江水师将弁任用制度，近乎荒唐：长江水师的副将、参将、游击出缺，其中七成，要从长江水师将弁中题补，剩余三成，才由兵部选派。都司以下出缺，则全部由长江水师提督从长江水师人员中遴选。
前文提到，长江水师提督独立于沿江各省督抚，并和“本境督抚”一起，对长江水师各职官实施“双重领导”——这样，名义上就对朝廷有了交代：长江水师还是朝廷的“经制之师”嘛。可是，实际操作上，“本境督抚”的“领导”是虚的