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朝廷对于西藏的治理，是通过驻藏大臣完成的。驻藏大臣拥有西藏一切重要事务的最后决定权，但并不直接管理藏政，说到底，朝廷对西藏的治理，是一种间接的治理。
这是一种低水平的治理，西藏出现了什么问题、矛盾，必须累计到将近爆发的时候，甚至到爆发之后，才能被发现，并着手解决。就算问题最终得到解决，损失也已经造成，事倍功半，代价过重。
还有，如果西藏内部出现了对朝廷的离心力，也不能及时发现，未雨绸缪，预为之备。
改革西藏官制，关卓凡定下两个原则：一，改间接治理为间接治理、直接治理并举；二，削弱黄教寺院集团在政府中的影响力。
先说第一个。
仿朝廷的六部，改革噶夏政府。四噶伦增加到六噶伦，犹如六部堂官，两正四副，其中，一正二副为藏人，正噶伦为僧噶伦，副噶伦为俗噶伦；另一正二副，则或汉或满，由朝廷委派。这个情形，被称为“半朝半藏”，亦仿佛六部堂官的满、汉各半。
朝廷一伸手，就拿走了噶夏政府一半的行政权，藏人“自治”的权力，自然是被大幅度削减了。不过，僧噶伦名正言顺