任辽东经略时，就分析当时关外形势：“东事离披，一坏于清、抚，再坏于开、铁，三坏于辽、沈，四坏于广宁。初坏为危局，再坏为败局，三坏为残局，至于四坏--捐弃全辽，则无局之可布矣!逐步退缩之于山海，此后再无一步可退。”
可以说王在晋的战略分析是十分精准的，辽事果然如他预测那般，局面一再崩坏，最后坏到退无可退的地步。
王在晋正是预测到这种局面，才上书提出退守山海关，与后金打持久战的战略。
可惜大明实在太刚了，没有人敢担当弃守辽土的责任，王在晋上书非但无功，反而被大臣弹劾，认为王在晋无法坚守辽土，故而被孙承宗取代。
在现代不学无术的朱尤简自然是不知道这段历史的，所以他甫一听到王在晋这番跟红太祖“持久战”有异曲同工之妙的高论，便情不自禁鼓起掌来，暗暗叫好。
朱由检当机立断道：“王爱卿此番高论入情入理，对敌我分析得相当正确，深得朕心。朕便任命爱卿为兵部尚书兼蓟辽总督，节制辽东、蓟州二镇。”
王在晋历经宦海沉浮数十载，其沉稳老练不下于孙承宗，即使面对天子的格外重用，亦保持着相对从容的态度，俯首拜道：“臣王在晋，愿为陛下