为这封奏疏将使崇祯无言自解，为自己洗脱罪名。
崇祯也不是吃素的，意识到自己下的手诏，陈新甲在看过后分明没有遵旨烧毁，应该仍藏在陈新甲家中，他一方面下诏，将陈新甲逮捕下狱，交刑部从严议罪。
另一方面，命吴孟明率领锦衣卫将陈家包围，严密搜查，宫中的手谕，一概抄出，马上密封，倘有片纸留传在外，或有人胆敢偷看，从严治罪！
吴孟明害怕查抄不全，被崇祯疑心，惹祸上身，又担心曹化淳嫉妒，于是恳求崇祯命曹化淳一同前去，崇祯也有点不放心，同意了吴孟明的要求。
当夜二更，曹化淳和吴孟明带领人马闯入陈宅，将陈新甲的妻妾、儿子和重要奴仆全数拘捕，逼他们道出收藏重要文书的地方，果然，在一口雕花樟木箱子里找到了全部密诏。
二人严密封好，连夜送往宫中。
崇祯支开二人和宫女太监，一封封捡看，心里悔恨交加，这的确是他的手迹，没想到陈新甲竟然还留了一手，简直是用心险恶！
接下来的一段日子，以首辅周延儒为首的诸多朝臣，上疏救陈新甲，毕竟局势已经烂到了极点，不仅对满洲无任何良策，中原又快速沦限，值此国难之际，中枢易人，已经很为失