，恨之入骨，诬告忠孝有忤旨病民而又欺君之罪，朝廷听信谗言，派锦衣缇骑逮治。
王忠孝被押解入京后，受廷杖之刑，也拒不认罪，最终改入狱三年，与黄道周、王仑初、王思 任、马思 理等人同在一狱，时称“六君子”。
后出狱返乡，南明弘光帝时授其绍兴知府，坚辞不受。
弘光朝亡后，他投奔隆武帝，擢光禄寺少卿。
郑成功起兵反清后，王忠孝即投奔郑成功，不过没有为官，只是做为郑成功帐下一个幕僚，赞划军政，备受郑成功推重。
“王忠孝拜见会稽郡王。”
吴争微笑道：“忠孝伯（郑成功的爵位）可好？”
“回王爷话，我主在隆武帝崩殂后，已经遵奉永历帝为主，受封延平公。”
吴争讶异，看来历史还是朝着惯性在愈合被自己破坏的部分，这难道真是定数？
可吴争绝不相信，至少多铎死了，博洛被自己抓了。
失去这两员大将，清廷如同失去了一条臂膀。
再说了，如今浙江、半个南直隶都非清廷控制之下，就算这次清廷真要为博洛大举南下，自己和义兴朝也并非无一搏之力，而且，就算是最后自己输了，清廷也