感恩孟珙为知己，于是扶送他的棺柩葬于兴国县，随即弃官而归故里，为孟珙服丧三年。
贾似道镇守京湖，李庭芝起初担任制置司参议，后来移居镇守两淮，与贾似道议设栅清河五河口，增设淮南烽火台一百二十处。接着，担任濠州知州，又在荆山设城以备淮南。都切中机会。开庆元年，贾似道担任京湖宣抚使，留李庭芝暂时任扬州知州。不久，因为大兵在巴蜀一带，奏请担任峡州知州，以防守巴蜀长江出口。朝廷任命赵与..担任淮南制置使，李应庚担任参议官。李应庚指挥两路兵驻扎南城，大暑中渴死的有几万人。元将李璮观察他没有谋略，攻夺涟水三城，渡过淮河攻夺南城。鄂州兵解围，李庭芝服母丧离职。朝廷议论选择驻守扬州的将帅，宋理宗说：“没有哪个比得上李庭芝。”于是夺情主管两淮制置司事。李庭芝又打败李璮的军队，杀死其将帅厉元帅，平定南城而回。[4]
景定元年，李庭芝又在乔村打败李璮，攻下东海、石圃等城邑。景定三年李璮投降，迁徙三城的民众到通州、泰州之间。又攻破蕲县，杀死守将。
德祐元年十月，元丞相伯颜进入临安，留元帅阿术驻扎镇江以遏阻淮南的军队。阿术进攻扬州久攻不下，于是筑工事长期围困扬州。冬天，城