之后他再次回到扬州，而这一次已经是他第二次来到这里了。
他首次到这里的时候，扬州刚刚遭受水灾，房屋全被冲毁。扬州本来是一直都在依靠盐业获得利益，而此时制盐亭户大多逃走，公私盐业都很萧条。
于是李庭芝全部贷给民众所负的欠款，借钱给他们修房子，房子做成后又免除了他们所借的钱，共一年，官府民居都修好了。同时他开凿运河四十里到金沙、余庆盐场，以节省车费运输，并且还疏浚其他运河，放免亭户负盐二百多万。产盐户民众没有车运的劳苦，又能够免除所负的盐债，逃出去的人都回来了，盐业之利迅速兴盛。
李庭芝又命人修筑高大的城墙围起来，募集汴京以南的流民二万多人充实城中的人口，有诏令命为武锐军。又大修学校，教以《诗》、《书》，做俎豆，与士大夫们修行习射之礼。郡中发生水旱灾荒，即命令打开官库，库藏不足就以自己的私人财产来赈济灾民。扬州的民众感恩戴德，敬之如父母。刘粲从淮南进京入朝，宋理宗皇帝询问他淮南的事情，刘粲回答说:“李庭芝老成谨慎，军民相安。现在边防不感到惊惧，百事都已做好准备，都是陛下委任的人选所取得的成效。“也就是在那个时候，扬州便和李庭芝结下了不解之缘，