对各民族地区社会政治、经济、文化有着较大影响，归纳起来其影响有4个方面:
第一，有利于统一多民族国家的巩固和发展。
改土归流消除了各地土司分散割据的封闭局面，各土司地区完全纳入了中央王朝的直接管辖之下，交通道路的畅通，加强了各民族地区人民之间的来往，湖北来凤县“自改土后，披荆斩棘，行李往来，遂为三省之要衢，四冲之捷径”。
湖北施南地区则是“商贾多江西，湖南之人”，“川、鄂、湘交界各族人民互通有无，密切交往，湖广、四川、江西、陕西、江、浙、闽、粤的商人和官吏皆来湖北，有的还定居下来，形成了一个多民族汇合的地区”。
土司被废除后，清政府可以对原土司统治下的人民进行户籍清查，登记编册，转到清政府的直接控制之下，并将原土司的庄奴释放为自由农民，如云南丽江土府改流后释放了原木氏土司的庄奴2000余人;湖广容美土司改流后，追释了原被掠保靖良民500余人。
原来的那种依附关系不存在了，成为清政府的直接编民，这对缓和社会矛盾，促进生产的发展起了一定的作用，也就有利于多民族统一国家的发展和巩固。
第二，革除了一些旧制陋规