承宗尚方宝剑、坐蟒等，内阁大臣将孙承宗直送到崇文门外。
孙承宗上任后，让江应诏制定军事编制，让袁崇焕建造营房，李秉诚训练火器装备，鹿善继、王则古处理军需物资，沈棨、杜应芳维修甲仗，孙元化修筑炮台，宋献、程仑购买军马，万有孚采伐树木，祖大寿辅助金冠守觉华岛，陈谏助赵率教守前屯，鲁之甲拯救难民，杨应乾招募辽人编制成军队。
孙承宗发现先前关上的士兵没有纪律，而且有大量的不符合条件的人冒领军饷，于是孙承宗阅兵后，将河南、真定等地不符合条件的士兵全部遣回。将鲁之甲所拯救出的难民征召七千人出来去驻守前屯，杨应乾招募的辽人军队去镇守宁远，请求朝鲜声援辽东，又犒赏东江镇的毛文龙，让他四面防卫。并传令给沈有容进据广鹿岛。
而后江应诏被弹劾，孙承宗请求让马世龙代替，并让尤世禄、王世钦为南北帅，听马世龙调遣。
朱由校听从孙承宗的建议并赐给马世龙尚方宝剑。
登莱巡抚袁可立与孙承宗同为天启二年殿试同考官，共同主辽期间满人蜷伏。
孙承宗将辽海防务委之于袁可立，十分倚重。他说道：“读后先大疏，皎皎揭日月，行中天而底里洞彻，殊令人可味