鞭法实行的同时，张居正大刀阔斧，开始了全国的清丈土地，主要是清查那些用各种名义寄存，偷税漏税的土地。
清丈的结果，就是明王朝可用来征收赋税的土地，由过去的400多万倾，变成了当时的700多万顷。虽然不及朱元璋时期，但是税收效率却远高于那时，因此这也是明王朝税收效率和税收总数最高的一段时期。
张居正改革的最高峰时代，明王朝的年税收是800万两，如果结合当时白银的购买力，不但远高于明王朝建国时，也远高于后期清王朝康乾盛世时，这可以说是中国封建王朝历史上税收最高的时候。
明朝末年通过各种方式增加田赋，但最后的结果，每年的赋税也不过400万两，而军费开支却增加到了600万两，年年财政赤字，以至于最后破产。
张居正的改革，在1582年他去世后遭到了废止，他的“考成法”被废除，一条鞭法成为仅有的保留项目，清丈土地也因此停止。
万历在位的后期由于大批东南商人背景的官员当职，开始了对商税的调整，将主要的商税，分摊到了中小商人身上，大商人们通过与势豪大户的合股经营，获得了免税的特权。
万历后期工商业勃兴，万历也希望增加商