李珲收集流散的军队和义兵，号召通国勤王，以图恢复。他的举措振奋了朝鲜民心军心，对全国团结一致抗击倭寇起到很大作用，让那些认为亡国的百姓重新拾起希望。
随着明朝大军的介入，战局大为改观，万历二十一年（1593）正月，宣祖从鸭绿江畔的义州南下，与光海君会合于定州；二月，宣祖前往嘉山，光海君仍留在定州供奉庙社神 主。
四月，日军撤离汉城，十一月，宣祖与光海君还都汉城。
光海君权摄国事告一段落，分备边司改称抚军司，他又南下三南地区，负责协助明军、安抚民众，万历二十二年（1594）八月完成任务，回到汉城。
明神 宗在万历二十三年（1595）封光海君为庆、全军务总督，并表彰他对抗倭作出的重大贡献。
此后光海君坐镇汉城，遥控前线，到万历二十六年（1598）终于驱逐所有日军，光复朝鲜全境。
然而，分朝却使得宣祖和光海君的关系发生微妙变化。
分朝是一种二元体制，即光海君领导着形式上与宣祖对等的朝廷，因此直接侵害了宣祖的王权。
事实上光海君并无便宜行事之权，事事都要报告宣祖所在行朝，使分朝大