受掣肘，宣祖甚至连王世子之印都拒绝颁给，可见他非常忌惮光海君利用分朝架空自己，所以牢牢抓住权力。
另一方面，光海君的分朝与抚军也使他功高震主、威望大增，宣祖却威望大跌，不仅国内忠清道人宋儒真试图率民众起义推翻宣祖、拥立光海君，就连宗主国明廷内部也有让宣祖退位于光海君的意见。
对权力非常敏感的宣祖自然将光海君视为潜在威胁，在壬辰倭乱期间（1592—1598），他18次提及禅让王位或让光海君摄政，其目的不过是在敲打光海君和群臣，考验对自己的忠心。
在这种情况下，光海君在战后的日子注定是难熬的。
壬辰倭乱后，光海君与宣祖关系的紧张程度与日俱增，甚至到了连光海君问安都被拒之门外的地步。
光海君的世子之位没有一天做安稳过，这是由于他先天的弱点——既非嫡子，也非长子，违背宗法制“立子以嫡”、“立嫡以长”的原则。
宣祖长子临海君在壬辰倭乱后依旧胡作非为，且他曾被日军俘虏，更无可能取代光海君；最受宠的信城君则在壬辰倭乱中病死，光海君看似渡过难关，但在万历二十八年（1600）七月，懿仁王后朴氏去世，宣祖在两年后就迎娶礼曹