司互不统属，各对中央负责。都指挥使司负责管理所辖区内卫所，以及与军事有关的各项事务，是地方平时最高军事领导机构，分别隶属于中央的五军都督府，并听命于兵部。
各省都司之外，在边防要地则单设都司，实行军民合一的统治，如辽东都司，治定辽中卫；大宁都司，治大宁卫；万全都司，治宜府卫。
在边境海疆的陕西、山西、湖广、福建、四川五省的省城之外，增设行都指挥使司，以辅都司之不及。
明朝共置有21个都司、行都司，它们是：浙江都司、辽东都司、山东都司(隶左军都督府)、陕西都司，陕西行都司、四川都司、四川行都司、广西都司、云南都司、贵州都司(隶右军都督府)、河南都司(隶中军都督府)、湖广都司、湖广行都司、福建都司、福建行都司、江西都司、广东都司(隶前军都督府)、大宁都司、万全都司、山西都司、山西行都司(隶后军都督府)。
都指挥使司设都指挥使1人，正二品。都指挥同知2人，从二品。都指挥佥事4人，正三品。经历司经历，正六品。都事，正七品。断事司断事，正六品；副断事，正七品。司狱司司狱，从九品。经历司、断事司、司狱司三个职能机构，分别负责处理来往公文及刑狱