之事。地方若有重大军务，须三司合议，并列署名向朝廷汇报。每年由朝廷命官巡抚、巡按对其进行监察，每五年汇总考选。此外还有仓库、草场大使、副使等掾属。都司内部的分工大体是，都指挥使及同知、佥事，以其中一人统领司事，称为掌印；一人负责练兵，一人负责屯田，称为佥书，有的则分管巡捕、军器、漕运、京操、备御等事务。不担负具体职务的则称为带俸。经历、都事则典掌文书，断事处理军队的刑狱。
都司下设卫指挥使司、千户所、百户所。每卫5600人，分前、后、左、右、中5个千户所。千户所又分为10个百户所，每百户所112人。各卫所平时屯守，战时奉命攻守。每逢战时，朝廷临时命将，并非都司指挥作战。
都司卫所本是军事建置，与行政区划无关。但是边境卫所也兼理民事，实际变成地方行政区划。因此，都司卫所有实土、非实土之分。不设府、州、县的地区，卫所兼理民政，为实土卫所，辽东都司全系实土，万全都司大半是实土。
在东北、西北、西南少数民族地区明朝建立了羁縻性都司卫所，如奴儿干都司、乌斯藏都司、朵甘都司。设都指挥、指挥、千户、百户等官，由当地部落首领担任，可以世袭，但须接受朝廷的统一节