司礼监便趁机窃柄专权。
明之阁臣即使有理想，有主张者，也必须先勾结宦官不可，否则一切政事都受到宦官阻梗，不能上达皇帝，如张居正为有明一代能臣，其任首辅时亦要密结司礼太监冯保，才能策动当时的政事。
至于阁臣之不肖者，更争相谄媚逄迎宦官，助阉为虐，狼狈为奸，助长宦官的气焰。
综观明代宦官为祸之烈，实与废相后，内阁无实权，加上君主过于宠信宦官，使宦官得以居中用事所使然。
这种三权分立的政治架构还容易演成朋党倾轧。
明之内阁上受君主箝制，内受宦官操纵，阁臣之欲握权柄者，皆不免以不光明之手段得之。
一方面要交结内监；另一方面则又须倾轧同列之大学士，遂演成朋党之祸。
即在明代内阁权任处于最高峰时，阁臣间为争夺首辅地位，往往互相倾轧，愈演愈烈，甚至不惜朋党台谏，依傍宦官，世宗时之严嵩任首辅，威权不可一世，但却为阁僚徐阶所推翻。
张居正在万历元年出任首辅，也是因为内结司礼监冯保，逐高拱得来的。
阁臣倾轧之剧烈皆因明代内阁没有正式的权力，没有合法的地位而引生的流弊。