了农民的人身依附关系，又由实物税转化为货币税，有利于商品货币经济的发展。
商税是明朝税收的另一大重要的来源，主要包括市税、关税和舶税三种。关税，又称“通过税“，是指在商人比经交通要道设关立卡，征收通过税。
宣德年间（公元1426－1435）开始在水道上设立关卡，征收船料费，按船之大小长阔，定其税额。
对于关税，明初市税基本上按三十取一和“凡物不鬻于市者勿税“的原则征收，但到明仁宗洪熙元年（公元1425年）施行钞法，商市从门摊向市肆发展，才课税于门肆门摊。
明初对各国舶货免征舶税，至明穆宗隆庆年间松开海禁后，才实行舶税制。
为了加强对商税的管理，明律还对匿税者规定了刑事责任，大明律规定：凡城镇乡村的商贸集市和海港码头，都由官府设置的人员专门管理；凡客商匿税及酒醋店铺不纳税者，笞五十，货物一半入官。为了奖励告发偷税漏税者，还将没收货物的十分之三给予告发人。
对客商船户发给“印信”、“文簿”，登记其籍入官。
此外，明律要求承办茶盐专卖的商户年终纳齐商税，否则，以不足数额的多少分别给予笞杖刑的处罚