分船只被击毁、击沉，岛津义弘、立花宗茂、宗义智带着几十艘船逃了回去，李舜臣、邓子龙战死，正当露梁海战激烈的时候，小西行长将自己的大部分士兵留在顺天倭城，自己带着少部分人逃了回去。而此时泗川倭城还有几百名不愿撤离的日军在坚守，城破后，这些士兵有的被杀，有的跳海自杀。
当刘铤二次来到顺天倭城的时候，虽然小西行长已经撤离，但城内还有数千日本士兵，刘铤的二次攻击仍然不顺利，此时结束露梁海战的联军水师开始登6，帮着刘铤进攻顺天倭城。城破后，大约有数千日本士兵和日本劳工做了俘虏，大概明军将这些人就地处理掉了。
到了此刻，朝鲜战争终于结束，整场朝鲜战争明军阵亡二万八千人，朝军阵亡五万人，日军阵亡八万人，另外，日军冻死、饿死、病死、投降者、逃跑者近两万人。
万历二十七年，四月，东征军在郑静和孔祥弈的率领下开始回国，宣宗和朝鲜文武大臣还有百姓一直送明军到平壤，留在朝鲜的最后一万人马于万历二十八年八月返回国内。
东征军既回，皇帝在午门举行授倭俘仪式，中官念完诏示后，将在押的六十一名日军俘虏押往西市斩。