维修部，研发部，生体医疗部，训练部，后勤仓储部，殖垦部，预备役部，电影制作部，食品加工生产部。
维修部的部长一直是隆格，他现在还在主持卷毛狮的维修工作，估计维修工作已经进入了尾声，但卷毛狮在没有配备新的主炮之前，连一半的战力也无法发挥。现在，船队距离卷毛狮的距离比以前更加遥远了。
研发部的部长是海德博士，他手下有几名诱骗来的科学家、一大帮子囚犯和两百余个造船业和军事工业的工程师。
生体医疗部的部长是尼奥博士，副部长有两位，分别是雷莎和玛丽，雷莎负责医疗免疫部，玛丽负责生化人的驯养工作，尼奥博士则带领了一个生化科学家小组在研究如何把生化克隆人的生产线改成生化兵生产线。
训练部的部长由雷自鸣和虎克分别暂任副部长，目前没有最高的部长。
预备役部：部长陆休士中士是资深的联盟军士官，他在酒吧被刑长州等人灌醉，醒来后才发现上了李尔的贼船，还变成了通缉的逃兵，只能选择为李尔服务，在服务期中，他一丝不苟的工作态度获得了李尔的首肯。
而俘虏们则归后勤部的仓储中心管理，管理人是原本负责监控尼奥博士等囚犯的几名专业狱卒