参谋（情报）部：包受明任参谋长，副参谋长是上周宣布投诚的一名联盟军官，名为管銮芝的中校。他曾经是高八虎少将的参谋，但被俘后关押至今，直到他宣布投降才获得了有限的自由，参谋组负责指挥整个舰队的作战计划制定工作。
分管情报的副部长仍是刑长州，情报官和星图参谋还是龙缘，龙缘的身体一直不太好，但这两个职位过于重要，李尔一时找不到合适的人来分担他的工作。
老头只是时不时的提出建议，他只是军事顾问，不必分管具体工作，但很多佣兵的联络仍由他掌握。
空军部：由虎克为部长，虎克大队和飞行学校为主力，平谷六小队和佣兵部队则由李尔直接指挥。学校的校长是李尔，虎克和平谷六都是高级教官，但平谷六很少去讲课，他根本就不喜欢出现在复数的人类面前，反而是平谷六的弟子小皮经常去做飞行演示。
陆军部：名义上的部长是图兰德军士长，部内的大权被高级顾问雷自鸣所掌握，图兰德被压制的没有反抗之力。
宇宙军部由最重要的战舰战斗员组成，各武装船的作战人员归船长指挥，而船长们则归指挥官李尔和参谋部指挥。
辅助部门比较复杂，有多达九个部门。