等等消息，也都陆续传到了郑芝龙的耳中，这才让郑芝龙生出戒意来。因此也派人重点打探商毅的情况，不仅了解了商毅过去的一系列战绩，己佳占稳了浙江，还进入苏州的丝绸业，而且还知道现在商毅的手下不仅有一支规模颇大的海军，同时还在杭州建立了造船厂，向海外扩张的意图己经十分明显了，郑芝龙这才感觉到商毅的危胁。
按照郑鸿逵的打算，应该立刻出兵，攻打台湾，把基隆夺过来，并狠狠教训商毅一顿，也让他知道，在海面上是郑家说了算，在郑家持这种观点的人也不在少数。
但郑芝龙到底要比别人考虑得深了一层，他知道商毅不同于自己以前的敌人，在过去，无论是刘香还是李魁奇，都是海盗身份，而郑芝龙接受了明朝的招安之后，摇身一变也成为朝廷官员，不仅能在沿海获得立足之地，用时也得到了明朝在人力物力上的大力支持，因此在与他们的海上争斗中，也占尽了优势，最终成为最后的嬴家，对荷兰人的战斗也同样是如此。在这一点上，郑芝龙比刘香、李魁奇等人明显要高明得多。
因为商毅也是朝廷官员，官职比郑芝龙还高，在朝中似乎还有不小的靠山，同时商毅还是浙江总兵，郑芝龙有很大一部份商品都是从浙江购买，一但和商毅恶交，