对郑芝龙的商业影响也很大。而且从商毅过去的战绩来看，显然和一般的眀军大不相同，那怕这些战绩只有一半是真的，郑芝龙也没有战而胜之的把握。因此用过去对付刘香、李魁奇等人的办法来，以武力来对付商毅，显然是行不通的。
而就在这时，北京失守，崇祯架崩，南京朝廷建立等一系列消息也都传到了泉州，在这种动荡的时刻，郑芝龙也不得不把精力放在南京朝廷上，因此也只能放弃对商毅的关注。朱由崧登基之后，封郑芝龙为安南伯，郑鸿逵为靖鲁伯，并驻守镇江，按明朝的规据，郑芝龙应该亲自到南京去面见新皇帝谢恩。
不过在诏书传到泉州的之后，郑芝龙也知道商毅现在已经由南京朝廷封为临邑候，并受任浙江巡抚，在南明朝廷中的地位可以说是举足轻重，因此对商毅也更为忌惮，于是也打算趁着这次进南京的机会，借路过浙江之机，见一见商毅，看看他到底是怎么样的一个人，然后再决定对付他的办法。
在昨天郑芝豹从杭州返回郑芝龙的船队，也把自己在杭州的所见所闻向郑芝龙汇报了一遍，郑芝龙虽然当时不置可否，但心里确实吃惊不小。而现在在杭州海面上，见到商家军海军的这个阵势，郑芝龙心里也清楚，商毅的海军实力绝对不弱，虽然说