史可法离开扬州之后，商毅也立刻着手安排江淮的布置。虽然从理论在来说，现在整个江北都属于商毅的管辖范围，但实际的控制区域其实只有淮河以南，大别山以东的地区。包括凤阳、庐州、滁州、和州、扬州、淮安六府。总面积大约十五万多平方公里。其余的地方，依然都在清军的手里，不过也比商毅现在控制的浙江省大了近一半。
而商毅也作出安排，命刘泽清驻守凤阳、刘肇基驻守庐州。成进驻守扬州、罗远斌驻守淮安。也就是由商家军控制淮东地区、明军接管淮西地区。
因为现在商毅还一口吞不下整个江淮地区，另外这次作战的主战场在淮西，对这一带地区的破坏十分严重，而由余商家军守住了扬州，淮东基本没有受到什么损害，而且以后清军如杲再度南侵，淮西依然还是主战场，因此商毅只能退而求其次，只是把淮东地区先划入自己的实际控制范围。
淮东地区亦可称为苏北地区，实际就是扬州府、淮安府两个府治，但北接山东、南连江南，可以把商毅目前的势力范围连成一片，而且背靠大海，也有利于发挥商家军的海上优势。而另一方面这两个多月以来，商家军在扬州、淮安地区也建立了初步的民众基础，有利于商家军在这里速度建立起统治基