方鸣石“妄兴土木、图侵帑项”，迫使守卡小吏无理盘剥过往行客。有理有据说得痛心疾首。
方鸣石平素对老师叶文忠等清流党，凡是维新派支持的都反对、凡是维新派的政策都否定的作法，无不反对，所以根本不是一路人。只由于他为政清廉，才没人能惩处他。这次，清流党没有出手，坐岸观望。见了这奏章，当今自然勃然大怒。当天便下旨，用六百里加紧发往交州，命朱子清代为总督，并派户部侍郎黄炳坤连夜前往交州。黄炳坤是也是维新派的人，下车伊始，联合朱子清不由分说便将方鸣石革职下狱，并不顾条律，私自动用火炼、油龙等极惨的刑具，要置方鸣石于死地。
方鸣石平素实在太清廉了，因为不贪一分银两，身居总督高位，有时穷得不能举炊，他连家眷都没带，只有一个老仆里外照顾。这是全交州士绅百姓无人不知的事实。把家产抄了个底朝天，只寻得几件打了补丁的破内衣和满屋子书籍。
没法交差的两位钦差便把征来的盐银算成贪赃。这一来彻底激怒了交州夷民。升堂刑讯那日，三万夷人和汉人百姓聚到总督衙门外，人情汹汹，连衙门里的佐吏、衙役都一齐倒戈，大呼：“方公受刑，还有什么天日？我们反了！”还是方鸣石披枷带锁出来申斥，命百