由各家民地武装自治政府最高长官担任民族自治联盟轮值首脑，任期一个季度。每个月组织各家民地武装的自治政府招开一次民族自治协调会，讨论共同面对的问题。
民族自治联盟的日常工作由民族自治联盟秘书长负责，各个民地武装自治政府派出自己的代表作为联盟秘书，在秘书长领导下，承担自治联盟的日常工作。秘书长由联盟轮值首脑所在政府派出的代表担任，任期与联盟的轮值首脑任期相同。这样的设置，就是为了便于轮值首脑开展工作。
蝎子党也派出了自己的代表参与民族自治联盟的日常工作，作为蝎子党与民族自治联盟的联络员。但蝎子党不出任民族自治联盟的轮值首脑。为什么会是这样呢？因为蝎子党所控制的地区，民族成份复杂，各民族混居，不宜提畅民族自治。所以，蝎子党就没有参与民族自治联盟轮值首脑的工作。
但是，各家民地武装的力量都没有蝎子党的实力强大，各个民族自治政府也没有蝎子党的钱多，蝎子党财大气粗，实力强大，各家民地武装也都想得到蝎子党的支持。所以，蝎子党虽然没有出任民族自治联盟的轮值首脑，但作为民族自治联盟的发起者，也享有轮值首脑地位，参与轮值首脑组织的民族自治协调会。
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