不少屯地被持敌对态度的少数民族所占领，出现“田在敌外”的情况。军屯既败坏得有名无实，商屯又由于开中盐法的废弛而破坏无遗，朝廷只有从国家财政中拨给饷银。万历以后，国家财政入不敷出，拖欠军饷的情况越来越严重。加上官吏的克扣，士卒能领到的饷银就很少了。在明末灾荒连年，粮价陡涨的情况下，士兵的生活更陷于绝境。天启七年八月，陕西巡抚胡廷宴的疏中说：“临巩边饷缺至五，六年，数至二十余万；靖卤边堡缺二年、三年不等；固镇京运自万历四十七年至天启六年，共欠银十五万九千余两。各军始犹典衣卖箭，-----今则鬻子出妻------；始犹沿街乞食，今则离伍潜逃；始犹沙中偶语，今则公然噪喊矣。”
崇祯年间，卢象升任宣大总督时，在巡视山西边防后给朝廷的报告中说：“今逋饷愈多，饥寒逼体。向之那钱借债勉制弓矢枪刀，依然典卖矣。多兵摆列武场，金风如箭，馁而病、僵而仆者且纷纷见告矣。每点一兵，有单衣者，有无袴者，有少鞋袜者，臣见之不觉潸然泪下。”在另一件奏疏里，他又说：“所辖之军，其饷银自去年十一、二月到今，分毫未领也。各军兵虽复摆墙立队，乘马荷戈，而但有人形，全无生趣。往时见臣督临，犹跪路跪门，纷纷告讨。此