却上书弹劾刘显、卢镗有放纵三沙倭寇过失，故造成了白驹场、茅花墩等地遭受洗劫的严重后果。嘉靖帝看了李遂奏章后，出于文贵武贱的习惯心态，夺去了刘显薪俸，交都察院核查，坐以刘显渎职罪名，第一次被革职。
嘉靖四十一年五月，广东沿海一带的倭寇又蜂拥而起。此时嘉靖国乱思良将，又急诏起用刘显任总兵官，镇守广东、福建一带海域军事防守。
适逢福建沿海又爆发了倭寇进犯侵扰，地方官府和驻防部队对这突如其来的倭寇都感到十分棘手，无法对付。刘显得到军报传令，火速率领大军赶赴增援。并与时任浙江都司佥事、参将戚继光一起协同作战，连续击败倭寇，并直接拔了倭寇的大本营，但凡进入福建沿海境内的倭寇无有幸存，全部消灭干净。
然而，贼心不死的倭寇又源源不断地大批涌窜至应天境内，并迅速攻下了兴化城。刘显所部当时因连续转战，兵力大减，与占据兴化的倭寇主力兵力悬殊，于是只好围而不攻，不敢冒昧开战。
结果没的说，刘显马上被再次弹劾，说他征剿倭寇不力。参劾上去后，嘉靖考虑到国家正值多事之秋，正是用人之际，不能自剪羽翼，于是下诏命令刘显戴罪立功。
此时倭寇又不断地攻夺