入，朝廷在惊慌失措之下颁发了天下勤王令，强行将数万精锐西北边军从山西、陕?调往京师，陕西巡抚刘广生无奈之下暂停剿匪诸事，急忙率领亲军赴京勤王，结果造成了陕西的兵力空虚。
于是，无数“已降”的饥民流贼趁机再度举旗叛乱，小股流贼或明或暗割据层峦沟壑之间，一旦官军来剿就四处流动，如水银泄地，难寻踪迹。大股流贼因为陕西无粮可抢，开始越过黄河杀入山西。继而又向河南、北直隶甚至山东不断渗透，一边避免跟官军正面交锋，一边展开避实就虚的运动战。
到了这一步，招抚之策已经无法进行下去，朝廷改用剿杀策略，到处镇压民乱。此时的流民军还很弱小，组织更是涣散，官军很容易就将这些乌合之众击败，战事呈现一边倒的情况。但是由于流民军分布广泛，数量众多，而且流动性大，官军的这些胜利并没有解决问题。任何一场战斗或是任何一支流民军的失败，都无碍大局，改变不了日趋恶化的战局。接下来发生的裁撤驿站事件和新一轮边军哗变，使得大量的失业邮差（例如李自成）和边塞逃兵加入到流寇的队伍之中，进一步壮大了西北流民军的队伍。
但明朝毕竟树大根深，不是轻易能扳倒的。新任三边总督洪承畴以铁血手腕治军，极端残酷