这种状况却激起了登州本地人的极大不满——东江镇长期缺粮少饷，辽军为了填饱肚子，一向是坑蒙拐骗、明抢暗偷无所不为。到了山东之后，那些混上了兵额，吃上了官家俸禄的逃兵倒也罢了，很多没被选上的逃兵，居然乔装打扮去洗掠各处村寨，杀得好些村子鸡犬不留。而登州辽兵则为他们撑腰，大玩官匪一家的游戏，于是山东人和辽东人的矛盾愈发炽烈，在乡下民间都到了互相攻杀为常事的地步。
即使在登州镇起兵造反，攻克府城之后，山东本地人跟辽东难民之间的矛盾，还是没有得到化解。相反，由于登州镇百般设计谋夺土地、设立军屯，用以安置军属和附庸人口，与缙绅大户为敌的缘故，登州、莱州这边的“土客矛盾”，一下子变成了更加复杂的三方大乱斗，每天都要砍掉几十颗脑袋才弹压得下去。而至少十余万衣食无着的辽东逃民和溃兵，究竟该如何安置，如今的登州镇也还没想出一个妥善的对策。
除了从辽东渡海逃亡而来的东江镇难民之外，山东本地的流民同样也是一个令人头疼的大问题。今年的中原处处大旱、赤地千里，庄稼颗粒无收，河南固然是重灾区中的重灾区，山东的西部几个府也好不了多少，到处都是逃荒的饥民。很显然，衰朽残暴的明朝官府，根本没有办法