清军的活动空间，一度将皇太极围困在神策门附近。当清军形势最危急的时候，皇太极本人昏迷不醒，身边只有不到一百个卫士，左右侍从都已经给他剃了光头，换上僧衣，准备设法护送他化妆成和尚潜逃了。
然而，由于崇祯皇帝的水师力量相对单薄，无法切断长江航路，导致之前已经集结在江北扬州的清军，始终在源源不断地渡江来援。而皇太极为了夺取江南也是发了狠，一口气押上了大清帝国的几乎全部赌本。除了留下多尔衮三兄弟的正白、镶白两旗兵马，负责留守徐州和鲁南的后方大本营之外，其余六个旗的满洲大兵，还有剩余的汉军旗、蒙军旗等等，以及还肯听话的各路汉地降兵，统统都被他拉到了江南这边来！
就这样，由于明军没能在短时间内歼灭皇太极的清军先头部队，随着一支又一支清军从镇江相继赶到，南京的战场形势又渐渐地再一次开始了逆转。一度形成的神策门包围圈，又被后援清军冲开，而皇太极也转危为安。再接下来，从玄武湖、幕府山、到钟山的明孝陵，都成了两军激烈拉锯的战场。
随着速决战的妄想破产，毫无章法的混乱战斗持续了一天又一天，一座又一座精美的寺庙或宅邸被烧成白地，明军虽然依旧占着上风，但始终无法取得全胜，甚至