一直不能控制住整座南京城。
由于南京皇宫距离双方反复争夺的战场前线太近，而且已经在战火中变得残破不堪，崇祯帝只得在钟山的明孝陵设立了御营，一边祈祷朱元璋的在天之灵保佑自己，一边继续指挥这场漫长而艰苦的战斗。而皇太极则在幕府山脚下的燕子矶立下大营，对着八旗将士指天发誓，这一次不拿下南京就决不罢休！
需要注意的是，皇太极的清军虽然是外来的客军，但在江南这片地方也不是没有支持者就像寻死的人，如果一次自杀失败，通常就没有勇气立即开始第二次自杀一样。原本已经对局势灰心绝望的东林党人，看到清军大举南下，来找他们算账的崇祯皇帝似乎未必能坐得上金銮殿，于是又纷纷心思浮动起来。
其中，此次“借师助剿”的两个主谋，首辅周延儒和他的学生张溥，一个在南京战场为清军指点地理、筹集粮秣，一个在镇江渡口督促水师船只，从江北的扬州转运清军兵马。而其他一些还没有跑远的东林君子，也纷纷站了出来，虽然南京朝廷下属的正规军已经全垮了，但这些人凭着他们在地方上的影响力，还是很快组织起了一票乌合之众，前来南京战场上帮助“大清友邦”，顺便到南京城里抢点儿东西。
不过，东林党固然是江南