司马睿后来成为了东晋的皇帝，虽然姓的是司马，但毕竟是牛姓的骨肉，所以那个预言还是实现了。
东晋统治阶级主要由世族掌权，由于军权外重内轻，不少方镇心怀野心，造成了王敦之乱、苏峻、祖约之乱及桓温专政。此时虽然陆续有北伐以收复失土，但因为内部矛盾而始终未能重建巩固的全国统一政权。
前秦出动举国之师，意图灭亡东晋。面对亡国之祸，东晋君臣一心，这是成立以来最团结的一次。淝水决战后前秦崩解，谢安、谢玄等人成功的收复大批失土。
然而后期又发生朋党相争及桓玄篡位，由于平民负担沉重，又发生孙恩、卢循之乱。谯纵占据蜀地自立，最后刘裕崛起，平定了诸乱，并夺得皇位，进入了南北朝时期。
东晋初期，王导等人采取镇之以静的策略，以稳定局势。东晋的庄园经济的程度比西晋更重，由于农业技术的提升，在侨姓世族与吴姓世族密集的开发之下，江南获得全面开发而繁荣兴盛，中国的经济中心也逐渐往南移，使得后来有大运河的出现，在手工业和商业方面也有长足的进步。
因为北方的外患威胁仍然存在，东晋朝廷赖世族及方镇的支持以稳定局势，这使得不少士族掌握强大的武装形成了割据。王敦素来桀傲