帮忙辅政。王敦见司马绍没什么动作，便以为有机可乘，总是盘算着篡夺帝位的计划。不过此时司马绍也盘算着消灭王敦的计划，司马绍和司马睿不同，司马绍除了脑子好，他的身体也非常的好，属于能算计能打能冲的那类人。面对王氏家族的人，司马绍早已经准备好了兵马，严阵以待。
王敦生了重病，他篡权的计划只得暂时延迟，司马绍得到消息后，抓住机会，和他的心腹乘机谋划，要发兵征讨王敦。王敦第二次面对这种情况，也算是有点经验的人，他先发制人，派兵从荆州沿长江直下进攻建康。可是此次和两年前的情况不同了，司马绍率领晋军严阵以待，抓住机会狠揍了王敦一下。王敦实力也不厚打不起败仗，士气又受到打击，于是叛军纷纷退回荆州，王敦也跟着回到了武昌。
看到叛军退却，司马绍赶紧招集兵力追赶。不过当晋军还在路上时，却突然传来了王敦病死的消息，荆州叛军全部溃散，司马绍抓住机会一举夺回了属于自己的皇权，而由王氏兄弟所主导的篡夺帝位事件也暂告平息告一段落。
解决了内部问题，司马绍也开始了收复北方失地的打算。不过当时东晋的情况还是非常的糟糕，虽然中原非常的乱，但靠着江南的实力还很难进行有规模的北伐行动。