后，东林党人布列朝堂，对魏忠贤集团实行“斩尽杀绝，除恶务尽”的政策，毛文龙因远在天边，是漏网之鱼之一。
朝臣仍不时在崇祯皇帝面前做他的文章，工科给事中潘士闻弹劾毛文龙浪费军饷滥杀俘虏的罪行，尚宝卿董茂忠请求撤了毛文龙的兵，专门整治山海关、宁远的军队。
大密度、大规模的弹劾，可以想象，毛文龙的日子很不好过。他多次上疏自辩：“为病变万难弥息，臣命万难保全等事疏：臣受数十疏捏谤以来，心如死灰！”
好一个心如死灰！可以说，朝中有人，再大的不法没人说，朝中无人，就算守法也不能幸免！
这才是毛文龙死掉的真实原因！
等到袁崇焕横空出世，他是进士出身，天生就看不起飞扬跋扈的武将（你要是象小颜这么会做人，老袁也就暂时放你一马，但要是放老袁巡抚福州，搞不好他也要斩了小颜），眼里揉不得沙子的袁崇焕有了“毛文龙可用就用，不可用就杀了他”的杀毛之心。
不过他也知道东江镇（皮岛）的重要性，而且颜大少连续来信，劝阻他说：“……顾虑日后，不可不慎！”
袁崇焕以阅兵为名，乘船到达皮岛，毛文龙前来会面。袁崇焕同他设宴饮酒、行