乐，每每到半夜才罢，毛文龙没有觉察袁崇焕的意思 。袁崇焕同他商量更改营制，设立监司（就是由朝廷派监军），毛文龙很不高兴。
袁崇焕用离职返乡劝说他，大概就是说：“你辛苦了，现在给个机会给你，你停职留薪，回家乡享福吧！”
毛文龙回答说：“以前有这个意思 ，但现在只有我了解东部战事，等东部战争完毕，朝鲜衰弱，可以一举而占有。”
听听，非你莫属，领导是最不喜欢听这种话！
最终袁崇焕以毛文龙犯了（不设监军、欺骗君主、侵占军粮、劫掠商船、强娶民女等）十二条大罪为由将其拿下，请出尚方宝剑，斩了毛文龙！
接着分拨毛文龙的士兵二万八千人为四协，任用毛文龙的儿子承祚、副将陈继盛、参将徐敷奏、游击刘光祚为首领。收回毛文龙的敕印、尚方宝剑，令继盛代他掌管。
袁回到宁远，把毛文龙一事上书报告皇帝，末尾说：“毛文龙作为大将，不是我可以擅自诛杀的，所以我谨席橐待罪。”
崇祯皇帝突然听到这个消息，大吃一惊，但想到毛文龙既已死去，当时又靠着袁崇焕，所以就以赞扬的态度下诏书褒奖他。
不久又传旨公开毛文龙的罪行，