五军、三千、神 机三大营。
平时，五军营习营阵，三千营主巡哨，神 机营掌火器，战时扈驾随征。以后，京军制度累有更易。此外，尚有拱卫皇帝的侍卫亲军，如锦衣卫和金吾、羽林、虎贲、府军等12卫军，以及隶属御马监的武骧、腾骧、左卫和右卫等4卫营。
地方军包括卫军、边兵和民兵。
卫军配置于内地各军事重镇和东南海防要地。
边兵是防御北方蒙古骑兵的戍守部队，配置于东起鸭绿江、西抵嘉峪关的9个军镇，史称“九边”。
民兵是军籍之外、由官府佥点、用以维持地方治安的武装，内地称民壮、义勇或弓兵、机兵、快手，西北边地称土兵，西南少数民族地区有苗兵、狼兵等土司兵。
此外，还有不同行业和阶层组建的矿兵、盐兵、僧兵（少林兵、五台兵）等，遇有战争，常被召出征，战争结束仍回原址。
卫军主要是步军、骑军，东南沿海也置有水师。
官府曾命福建、江浙沿海诸卫造船抗倭，使水师获得了很大的发展。
卫军的武器装备，不仅刀牌、弓箭、枪弩等冷兵器制作精良，火器已占很大比例，铜铳、铁铳、地雷、各类火炮开始装备部队。