甲在唐世济等人的支持下进入了兵部，升任兵部尚书，但目前杨嗣昌没有彻底交出权柄的打算，仍然以东阁大学士身份“掌兵部事”，主持大局，尤其是面临清军压境，他干脆直接搬到兵部办公，越俎代庖，陈新甲只能以尚书身份干侍郎的事情。
不过表面上陈新甲没有任何不满，初来乍到的他上至杨嗣昌、下至郎中、员外郎、主事等各级官吏都笑脸相迎，没有一丝抱怨，这让杨嗣昌很满意，其他官吏也对新任尚书印象极好。
杨嗣昌翻阅到其中一份奏报时，皱眉道：“又是他出幺蛾子！”
陈新甲连忙放下手中的纸笔，问道：“阁老，出了什么事？”
杨嗣昌不满地说：“派出去的人回报：关宁军和大同镇王朴已经按照兵部命令调防京城广渠门一带，可是文登营那边却拒绝了命令，在保定按兵不动。”
陈新甲一听是陈雨的事情，格外上心，小心地解释：“或许不是直接抗命，而是没有及时拔营也不一定呢？文登营从威海卫赶来，路途遥远，人乏马疲，多休整几日也是可以理解的。”
“又哪里是休整了，这位文成伯牛气得很，他是当面拒绝了命令，声称不服从兵部调遣，哪里也不去！”杨嗣昌恨恨地说，“本官早就说过