第一阶段剧情的最后，主角在探索的过程中不断发现更多虫族猖獗活动的痕迹，并听从指挥官的命令不断探索。但在调查某个可疑地点的时候，主角的小队突然遇到了大量的虫族，仓皇之间想要撤退，但虫海已经将他们完全包围。
主角的小队在激烈的战斗之后，终于杀出一条路，与前来接应的小队会和，但就在这时，地底下突然毫无征兆地钻出来一条沙虫，一下子咬住主角的左臂，将他拖入了地底。
主角跟自己的小队失散了，等回过神 来的时候，他已经来到了地底的洞穴中，这里是虫族的巢穴之一。
而从这里开始，游戏则是进入了第二阶段的剧情。
主角使用防护服的潜行能力小心翼翼地在虫族的巢穴中寻找出口，游戏的玩法也从fps变成了潜行为主、射击为辅，只有在小部分不被发现的情况下才能开枪消灭敌人。
主角在虫族巢穴中要避开那些强大的虫族，同时还要不断地找寻出口，在这期间内，他所有的补给都来自于跟他差不多的被拖入虫族巢穴的人类战士。
这些人就不像罗舟这样好运了，他们基本上都没能逃出虫族的巢穴，虫族把他们的尸体残骸啃食殆尽后，破烂的防护服、护甲板、能源块等等