前，反俄组织已开始策划刺杀俄国皇太子的行动。
尼古拉在日本访问期间，在东京街头观光，一名日本武士冲到了他跟前，挥起马刀砍向了尼古拉。
幸好尼古拉的随从反应快，一把推开了他，才免于刀下做鬼，但还是被刀削去一块头皮，皇太子立即被送往医院。
虽然逃过了一劫，但是尼古拉二世头上一直留有一块明显的伤疤，并患有严重的偏头痛病，这是他这次远东之行留下的纪念。
从远东归来，尼古拉表示：这次游历影响了我，使我后来对远东产生了兴趣。
虽然日本官方迅速抓捕了凶手，并且向尼古拉道歉，还付出了不菲的代价，事情得以摆平。
显然这件事情没这么容易完，尼古拉的心胸可不是那么宽广，仅仅抓捕一名刺客，不可能让他满意。
1894年甲午战争后，日本与俄国在远东的矛盾冲突，就日益公开化了。
1895年他与德法联合，干涉日本归还大苹果辽东半岛。为日俄战争埋下了隐患。
1900年，义和团运动爆发后，尼古拉派兵参加了八国联军，入侵中国北京，占领中国东北。
在远东的扩张活动中，与日本在朝鲜和满洲地